Vaktsineerimise ehk immuniseerimise tagajärjel tekivad organismi vastavate haiguste vastu antikehad (kaitsekehad), mis hoiavad ära looma haigestumise konkreetsesse haigusesse või kergendavad selle kulgu. Kordusvaktsineerimised teatud ajavahemike järel aitavad säilitada antikehade taset looma organismis.
Immuunsus ei teki kohe pärast vaktsineerimist, tavaliselt võtab see aega mõned päevad kuni 2 nädalat. Seetõttu on oluline teada, kui kaua võtab aega immuunsuse teke erinevate haiguste vastu vaktsineerides, eriti enne esmaseid kontakte võõraste loomadega, näitusi, võistlusi jm nakkusohtlikke olukordi.
Teatud nakkushaiguse puhkemise oht tõuseb võrdeliselt vaktsineerimata loomade arvuga.
Koerte ja kasside vaktsineerimine marutaudi vastu on Eesti Vabariigis kohustuslik. Teiste nakkushaiguste vastu vaktsineerime loomi omaniku soovil, valides vaktsiinid vastavalt konkreetse looma elustiili ning riskitegureid silmas pidades.
Nii näiteks on arukas vaktsineerida koeri kennelköha vastu enne sügis-talviseid sisenäitusi, võistlusi, treeninguid, kennelis või koerahotellis viibimist. 
Leptospiroosivaktsiini soovitaks koertele, kes elavad ja liiguvad palju maal, joovad lompidest ning võivad kokku puutuda rottidega. Leptospiroosibakteril on palju erinevaid tüvesid, vaktsiinid sisaldavad neist kolme või nelja tüve, seetõttu võivad koerad halvimal juhul ka vaktsineerimisest hoolimata haigestuda.
Herpesviiruse vastu vaktsineeritakse tiineid emaskoeri, et vältida pesakonna kutsikateherpesviirusnakkusest põhjustatud surma või haigestumist esimestel elupäevadel.
Väiksema nakkusriskiga loomi (nt. tubased kassid) võib omaniku vastutusel vaktsineerida harvem. Igal juhul soovitame iga-aastast tervisekontrolli, tänasel päeval näeme kliinikus palju ülekaalulisi loomi. Kaalu ebanormaalne lisandumine võib lõppeda suhkruhaigusega. Üsna halvas seisus on lemmikloomade hambad. Tervisekontrolli käigus on võimalik ennetada raskeid haigestumisi.
Vaktsineerida tohib vaid täiesti tervet looma. Halva üldseisundiga loomal võivad tekkida vaktsineerimise tagajärjel tõsised kõrvalnähud ning haige organism ei suuda immuunsuse tekkeks toota piisavalt antikehi. Seetõttu soovitame eelnevalt anda loomale ussirohtu ning enne vaktsineerimist teostab meie arst põhjaliku tervisekontrolli.
Mõni loom võib vaktsineerimisjärgselt olla pisut haiglane, isutu ning võib esineda kergekujulist kõhulahtisust või kehatemperatuuri tõusu. Selline seisund möödub üldreeglina ühe päevaga ja ei vaja ravi. Kui tervisehäired kestavad kauem või tekivad järsku ning on väga ägedad, siis tuleb võtta viivitamatult ühendust arstiga. Tegemist võib olla vaktsiinireaktsiooniga, mida esineb küll harva, aga see vajab siiski arstiabi.
Mõne vaktsiiniga, näiteks leptospiroosi vaktsiiniga, võib süstekohale tekkida turse, mis möödub hiljemalt kuu aja möödudes, kui nii pole juhtunud, siis võtta ühendust arstiga. Süstekoht võib olla peale ravimi manustamist ka valulik, enamasti möödub see mõne päeva möödudes.
Iga koera vaktsineerimine on individuaalne toiming ning vaktsineerimissagedus sõltub Eesti Vabariigis kasutusel olevate vaktsiinide juhenditest, looma elust
iilist ja ka ümbritseva keskkonna riskifaktoritest: kas ta käib metsas, puutub kokku teiste loomadega, osaleb näitustel, võistlustel, treeningutel jne.